富士吉田医師会は、大正５年、大日本医師会の誕生以前の明治３８年頃、既に旧南都留郡下の医師の団体として活躍し、昭和２２年に新制日本医師会の誕生の頃に南都留医師会となり、昭和４９年に南都留医師会が富士吉田医師会と都留医師会に分離し、法人格を有する社団法人となり、一世紀にわたり、富士北麓地域の地域医療の発展向上のために努力してまいりました。
平成１５年１２月１日現在、富士吉田医師会は、富士北麓地区（富士吉田市・富士河口湖町・忍野村・山中湖村・鳴沢村）に開業する５４診療所及び２公立病院の合計９６名の医師で組織しております。
富士北麓地域は常住人口が約１０万人で海抜８００ｍから１０００ｍの高地にある１市１町３村の地域であります。富士山と富士五湖の美しい自然環境に恵まれた観光地でありますが夏期と冬期の人口流動が著しく、観光シーズンには延べ１６００万人余りの観光客が滞在する地域であります。
富士吉田医師会は、このような特殊な地域において会員の共同利用施設である臨床検査センターを５０年にわたり、運営し、またこの地域の市町村と連携し、住民検診・学校検診・予防業務等の受託を行い地域住民の健康管理に資しており、その他、観光地の人口の著しく変化する特異な地域の在宅当番医制による急患診療を担当して、救急医療の向上に努めております。